病原微生物能夠在較短的時間在人群中內鏈式傳播最后導致傳染性疾病的暴發，因此是食品和飲用水安全管理中關注的重要對象。水介傳播的病原微生物，特別是隱孢子蟲直接導致1993年3-4月美國Milwaukeee州發生了世界上最大規模的40萬人感染。至今全世界范圍內有超過20起的隱孢子蟲大規模感染事件的發生。隱孢子蟲的最顯著的特點是具有較厚的壁囊，在環境中可以長期存在，并且能夠耐氯。其主要感染特征是腹瀉，一般持續2-3周，目前為止尚無有效的藥物控制措施和方法。通常隱孢子蟲感染并不會致死，但是，如果是HIV患者，通常會持續腹瀉數月而無法康復，直至死亡，死亡率可達70%。除此之外，由于腹瀉誘發并發癥也容易導致死亡。然而，我國居民的生活習慣與國外有很大差異，例如，喝開水和吃熟食。隱孢子蟲雖然耐氯，但是不耐熱。溫度在70度以上時，隱孢子蟲在數秒內即被滅活。不過，我國居民仍然有可能直接接觸到自來水，包括刷牙、洗碗和涼拌菜的殘留水都有可能成為隱孢子蟲的感染途徑。 
      環境水質學實驗室楊敏課題組主持了十一五水專項“飲用水水質風險評價方法及其應用研究”課題。其中，針對飲用水中病原微生物的健康風險這一重要內容，研究組通過模型模擬估算出不同生活情景下可能直接攝入的生自來水量，并建立了一套基于并發癥和人體免疫響應的隱孢子蟲攝入劑量感染概率模型，采用疾病負擔這一評價終點，對我國隱孢子蟲高污染區的人體健康作出評估。結果表明，隱孢子蟲在常規處理工藝下，其健康風險略高于WHO規定的可接受風險；在臭氧-活性炭的處理條件下，其風險被削減76%，顯著低于WHO規定的風險值，從而闡釋了我國在具備隱孢子蟲大規模暴發條件下，居民喝開水習慣而形成的感染風險末端阻斷效應是抑制隱孢子蟲暴發的主要原因。該課題是我國第一次針對隱孢子蟲風險評價開展的研究工作，為我國完善水質標準提供了科學依據，研究成果目前已在2011年6月份Environ Sci Technol. 雜志上（2011，45(11):4951-4958）發表。